Bio-OS 开源开放大赛—论文复现示例

社区征文计算技术大讲堂

本章介绍如何将论文在Bio-OS中实现复现。Bio-OS可实现的功能主要包含使用工作流进行生物信息二级分析及使用Notebook进行生物信息三级分析。由于本篇论文仅使用Notebook进行论文复现,因此步骤中仅使用到了Bio-OS中的Notebook交互式环境。

  1. 创建Workspace

    1. 点击【新建Workspace】-【创建空白Workspace】
    2. 输入Workspace名称,名称以“论文复现-团队名称xxx”形式
    3. 输入Workspace描述,使用复现的论文全称
    4. 点击【确定】

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  1. 数据上传

需要将论文中使用到的数据进行数据上传,在Bio-OS中数据可以上传到Workspace所对应的对象存储中(创建Workspace时会创建一一对应的对象存储桶),并通过配置密钥实现Notebook对对象存储的直接访问。

  1. 进入Workspace,点击【数据】-【文件列表】
  2. 选择文件进行上传

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  1. 环境资源配置

    1. 点击Notebooks

    2. 点击【运行资源配置】在Notebooks页面运行资源配置,选择R/Bioconductor基础镜像容器(镜像选择基于论文复现所需要的工具,示例论文主要用到了Bioconductor中相关工具包)

picture.image 计算规格设置为4 Core 32GB。同时,开启存储配置选项,将该workspace的对象存储桶挂载到notebook中, 挂载位置为 tos_data.

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  1. 使用notebook进行分析

  • 创建notebook。

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  • 进入编辑页面。

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  • 安装R包。

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  • 加载数据。通过文件系统路径加载数据(该步骤需要依赖环境资源配置中的存储配置选项)。

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