Bio-OS 开源开放大赛—论文复现示例

本章介绍如何将论文在Bio-OS中实现复现。Bio-OS可实现的功能主要包含使用工作流进行生物信息二级分析及使用Notebook进行生物信息三级分析。由于本篇论文仅使用Notebook进行论文复现，因此步骤中仅使用到了Bio-OS中的Notebook交互式环境。

1. 创建Workspace

   1. 点击【新建Workspace】-【创建空白Workspace】
   2. 输入Workspace名称，名称以“论文复现-团队名称xxx”形式
   3. 输入Workspace描述，使用复现的论文全称
   4. 点击【确定】

2. 数据上传

需要将论文中使用到的数据进行数据上传，在Bio-OS中数据可以上传到Workspace所对应的对象存储中（创建Workspace时会创建一一对应的对象存储桶），并通过配置密钥实现Notebook对对象存储的直接访问。

1. 进入Workspace，点击【数据】-【文件列表】
2. 选择文件进行上传

3. 环境资源配置

   1. 点击Notebooks

   2. 点击【运行资源配置】在Notebooks页面运行资源配置，选择R/Bioconductor基础镜像容器（镜像选择基于论文复现所需要的工具，示例论文主要用到了Bioconductor中相关工具包）

计算规格设置为4 Core 32GB。同时，开启存储配置选项，将该workspace的对象存储桶挂载到notebook中， 挂载位置为 tos_data.

4. 使用notebook进行分析

• 创建notebook。

• 进入编辑页面。

• 安装R包。

• 加载数据。通过文件系统路径加载数据(该步骤需要依赖环境资源配置中的存储配置选项)。