JNI 全称 Java Native Interface。Java 本地方法接口，它允许 Java 应用程序可以调用本地方法（native method） ，本地方法就是指用本地程序设计语言（C/C++等）编写的特殊方法。
维基百科是这样解释的：“当应用无法完全用 Java 编程语言实现的时候，（例如，标准 Java 类库不支持的特定平台特性或者程序库时），JNI 使得编程者能够编写 native 方法来处理这种情况”。
开讲前，我们先回顾下 JVM 的基本结构。根据《Java 虚拟机规范（Java SE 7 版）》。
JVM 的内存管理包括以下几个运行时数据区域：
- 程序计数器（Program Counter Register）：当前线程执行的字节码指示器
- Java 虚拟机栈（Java Virtual Machine Stacks）：Java 方法执行的内存模型，每个方法会创建一个栈帧用于存储局部变量表、操作数栈、动态链接、方法出口等信息。
- 本地方法栈（Native Method Stack）：（虚拟机使用到的）本地方法执行的内存模型。
- Java 堆（Java Heap）：虚拟机启动时创建的内存区域，唯一目的是存放对象实例，处于逻辑连续但物理不连续内存空间中。
- 方法区（Method Area）：存储已被虚拟机加载的类信息、常量、静态变量、即时编译器编译后的代码等数据。
- 运行时常量池（Runtime Constant Pool）：方法区的一部分，存放编译器生成的各种字面值和符号引用。
本地方法主要提供三种用途：
- 提供“访问特定平台的机制”能力，如访问注册表（registry）和文件锁（file lock）
- 提供“访问遗留代码库”能力，进而访问遗留数据（legacy data）
- 编写应用程序中注重性能的部分，以提高系统的性能
使用本地方法访问特定于平台的机制是合法的。随着 JVM 的不断成熟，本地方法提供了越来越多以前只有在“宿主”平台才有的特性。例如，java 1.4 发行版新增的 java.util.prefs 包就提供了注册表的功能；1.6 发行版增加了 java.awt.SystemTray 提供了访问桌面系统托盘区的能力。
同时，使用本地方法来访问遗留代码也是合法的。
使用本地方法来提高性能的做法不值得提倡。 早起的 jdk 发行版（1.3 之前），这样做法是必要的，但 JVM 实现变得越来越快了。对于大多数任务，现在即使不适应本地方法也能够获得与“使用本地方法”相当的性能了。
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jdk 1.1 发行版增加了 java.math 时，BigInteger 是在一个用 C 编写的快速多精度运算库的基础上实现的。在当时，为了获取足够的性能，这样子做无可厚非
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在 jdk 1.3 之后，BigInteger 完全用 Java 重写了，并且进行了精心的性能调优
其二，C/C++编写的程序是非安全的。所以，使用了本地方法的应用程序也不可以避免受到内存毁坏导致的错误
Java 是一门安全的语言（safe language），因为它对于缓冲区、数组越界、非法指针以及其他的内存破坏错误都自动免疫，而类似内存溢出或者指针异常等问题却始终困扰着 C/C++这样的非安全语言。
其三，因为本地语言是平台相关，使用本地方法的应用程序也不再是“自由移植”的。
其四，使用了本地方法的应用程序使得代码调试变得困难，在进入和退出本地方法时，需要额外的固定开销。所以，如果本地方法只是做了少量工作，非但没有起到优化性能的目的，反而降低了性能。
其五，需要“胶合代码”的本地方法编写起来单调乏味，代码可读性也低。
如果你必须要使用本地方法来访问底层资源，或者遗留代码库，也要尽可能少用本地代码，并且进行全面测试。因为本地代码的一个 Bug 就可能破坏整个应用程序。